Microsoft Project Server ermöglicht die Abbildung eines workflowgestützten Projektlebenszyklus. Darin werden Projektphasen und Projektstufen mit individuellen Genehmigungsprozessen für den Benutzer nachvollziehbar abgebildet.
Es können für Projekte bestimmte Phasen und Stufen, die dieses nacheinander durchschreitet, definiert werden. Für jede Stufe des Workflows können im MS Project Server ein Genehmigungsprozess sowie jeweils vordefinierte Projektdetailseiten oder Pflichtfelder, die für jede Stufe gepflegt werden müssen, hinterlegt werden. Der Übergang in die nächste Workflowstufe kann ebenfalls an bestimmte Ereignisse gebunden werden, wie z.B. das Speichern, Veröffentlichen oder den „Commit“-Befehl in der Portfolioanalyse. Hierbei sind umfangreiche bedarfsspezifische Anpassungen an Unternehmensprozesse möglich.