Wenn Rechnungsbeträge mit geringen Abweichungen ausgeglichen werden gibt es in Navision die Möglichkeit den Posten vollständig auszugleichen und die Toleranz zu akzeptieren. Hierfür kann eine Zahlungstoleranz eingestellt werden, die einen Skontoabzug auch nach Ende der Skontofrist erlaubt (Skontotoleranz), oder eine Zahlungstoleranz welche den abweichenden Betrag als Ausgleichsbetrag akzeptiert.
Die entsprechenden Einstellungen werden in der Abteilung Anwendung Einrichtung - Finanzbuchhaltung - Finanzbuchhaltung Einrichtung vorgenommen. Hier können die entsprechenden Konten für die Ausgleichsbuchungen ausgewählt werden. Die grau hinterlegten Felder können nur über die entsprechenden Stapelverarbeitung "Zahlungstoleranz ändern" vorbelegt werden.